Formiran je 11. februara 1926. godine pod imenom Centralni veterinarski bakteriološki zavod. Odluka o formiranju Zavoda doneta je na predlog Veterinarskog odeljenja Ministarstva za poljoprivredu i vode a u sporazumu sa Ministarstvom narodnog zdravlja koje je propisalo PRAVILNIK za Centralni veterinarski bakteriološki zavod (V.T. br. 1759). Pravilnikom je propisan naziv ove ustanove, da je to državna ustanova pod neposrednim nadzorom Ministarstva poljoprivrede i voda sa sedištem u Beogradu. Prema ovom Pravilniku Zavod je imao zadatak da vrši ispitivanje valjanosti cepiva(vakcina) i dijagnozu bakterijski, virusnih i parazitskih bolesti životinja. Pored toga, stručnjaci Zavoda su izlazili na teren radi utvrđivanja i suzbijanja stočnih zaraza. Osim svoje redovne delatnosti, stručnjaci Zavoda su se bavili i prosvećivanjem stočara i držali su redovno predavanja o stočnim zarazama na Radio-stanici Beograd. Sedište Zavoda je bilo u zgradi Centralnog higijenskog instituta u Beogradu a po završetku izgradnje sopstvene zgrade seli se u Zemun gde ostaje do početka II svetskog rata 1941. godine.
Po završetku aprilskog rata 1941. godine Zavod se preseljava u zgradu bivšeg proizvodnog zavoda „Paster“ na Banovom brdu u Beogradu, gde nastavlja sa radom kao Veterinarski bakteriološki zavod u Beogradu do 1945. kada se od njega njega formira Veterinarski bakteriološki zavod Narodne Republike Srbije.
Posle završetka Drugog svetskog rata na inicijativu tadašnjeg Ministarstva poljoprivrede NR Srbije i v.d. načelnika Vetenarske uprave organizovan je Veterinarski bakteriološki zavod NR Srbije. Godine 1947. Zavod se seli na Voždovac – ulica Bulevar vojvode Stepe br. 295, gde se nalazio sve do 1982. godine. Od te godine Institut se seli na dve lokacije u Beogradu – u Vojvode Toze 14 i na Novom Beogradu lokacija u Autoput 3. Uredbom Vlade NR Srbije br.5 od 14.1.1950. godine Zavod je prerastao u Veterinarski naučnoistraživački i dijagnostički institut NRS. Sledeće, 1951. godine, pri Institutu je formiran Centar za veštačko osemenjavanje, kao prva ustanova te vrste u SR Srbiji i bila je locirana na ekonomiji u Krnjači.
Godine 1959. doneta je Uredba o formiranju Veterinarskog instituta u čiji sastav su pored postojećeg Instituta u Beogradu ušli i Veterinarsi zavod iz Novog Sada i Veterinarski zavod iz Prištine. Neujednačena razvijenost pojedinih celina Instituta u pogledu opremljenosti i strukture kadrova rezultiralo je njegovom rasformiranju 1961.
Od beogradskog dela osniva se Zavod za unapređenje veterinarstva SR Srbije. Predmet delatnosti Zavoda su bila naučna istraživanja iz oblasti veterinarstva i primena rezultata naučnoistraživačkog rada u praksi radi zaštite zdravlja stoke, unapređenja stočarske proizvodnje i indirektnog čuvanja zdravlja ljudi.
U cilju što efikasnijeg i stručnijeg rada veterinarskih specijalističkih ustanova, u periodu 1970-71.dolazi do integracije Zavoda i veterinarsko dijagnostičkih stanica iz Svetozareva, Kraljeva, Požarevca i Zaječara a 1985. godine sa OOUR-om za fiziologiju i radiobiologiju INEP-a i Jugoslovenskim institutom za mlekarstvo iz Beograda, čime je formiran Institut i zavodi za veterinarstvo Srbije.
Tokom 1988-89. dolazi do izdvajanja ovih institutcija i Institut dobija naziv Veterinarski i mlekarski institut Pod ovim imenom Institut je radio do 1993. godine, kada prerasta u Naučni institut za veterinarstvo Srbije. Danas je Naučni institut za veterinarstvo Srbije jedna od vodećih naučno-stručnih institucija u oblasti veterinarske medicine. Sačinjavaju ga Zavod za zdravstvenu zaštitu smešten u Šumicama, u ulici Vojvode Toze 14 i Zavod za kontrolu hrane i lekova, lociran na Novom Beogradu (Auto put 3).