Rukovodstvo Instituta usmerava rad i poslovanje Instituta, planira i obezbeđuje resurse za rad, vrši analizu i preispitivanje poslovanja i sistema upravljanja, obezbeđuje primenu standarda dobre laboratorijske prakse i standarda sistema upravljanja, utvrđuje potrebe i preduzima izmene i poboljšanja u sistemu upravljanja i poslovanju Instituta.
Uže rukovodstvo Instituta čine:
Dr Dobrila Jakić-Dimić
Direktor Instituta
mr Slobodan Stanojević
Tehnički direktor
Dr Snežana Ivanović
Rukovodilac upravljanja kvalitetom
Dr Ksenija Nešić
Upravnik Zavoda za kontrolu hrane i lekova
Dr Jadranka Žutić
Upravnik Zavoda za zdravstvenu zaštitu
dipl.ecc Dejan Tmušić
Rukovodilac Službe opštih, računovodstvenih i pravnih poslova
Dr Vladimir Radosavljević
Predsednik Naučnog veća