Cilj Instituta je da ostane vodeća veterinarska ustanova u Srbiji, stalnim unapređivanjem kompetentnosti zaposlenih i povećanjem broja kompetentnih istraživača, kontinuiranom saradnjom sa srodnim naučnim i stručnim institucijama u zemlji i inostranstvu, kao i unapređenjem odnosa sa korisnicima.
Kvalitetom usluge, brzim i tačnim ispitivanjima, osigurava se poverenje u rezultate ispitivanja.
Misija i ciljevi Instituta se ostvaruju zahvaljujući kompetentnom kadru, primenom savremenih dijagnostičkih metoda i svih relevantnih standarda, putem dobre istraživačke i laboratorijske prakse, uz savremenu opremu kao i oslanjanjem na tradiciju pouzdanosti i kvaliteta.
Prioriteti razvoja i rada su aktuelni zdravstveni i biotehnološki ciljevi koji vode postizanju optimalne zdravstvene zaštite i dobrobiti životinja, njihove veće produktivnosti, kvalitetne stočne hrane i zdravstveno ispravnih namirnica animalnog porekla.
U radu je stalno prisutna i ekološka komponenta koja omogućava optimalni monitoring i primenu savremenih mera u zaštiti životne sredine.
Procesi rada i istraživanja konstantno zadovoljavaju najviši nivo kvaliteta primenom standarda propisanih od strane Svetske zdravstvene organizacije (WHO) i Međunarodnog ureda za epizootije (OIE). Ovi standardi su ugrađeni u sistem kvaliteta Međunarodne organizacije za standardizaciju (ISO) i Međunarodne elektrotehničke komisije (IEC).