Od osnivanja Instituta naučnoistraživački rad je bio jedno od osnovnih polja njegove delatnosti. Stručnjaci Centralnog veterinarskog bakteriološkog zavoda su se od njegovog osnivanja 1926.godine bavili i prosvećivanjem stočara i držali su redovno predavanja o stočnim zarazama na Radio-stanici Beograd.
U toku 1967. godine Republička zajednica za naučni rad upisala je u registar naučnih ustanova jedinicu Zavoda, a početkom 1971. Republički sekretarijat za obrazovanje, nauku i kulturu svojim aktom br. 04-022-159 priznao je Zavodu kao celini, status naučne ustanove. Shodno odredbama Zakona o naučnoistraživačkoj delatnosti, Institut je izvršio akreditaciju naučno-istraživačkog rada i zaveden je u registar instituta kao istraživačko razvojni institut pod rednim brojem 110-00-34/58 od 03.12.2007.
Odbor za akreditaciju naučnoistraživačkih organizacija je doneo Odluku br.640-01-1/48 od 15.5.2012. kojom je Institut akreditovan kao istraživačko-razvojni institut – ustanova u oblasti biotehničkih nauka – veterinarstvo.
U novembru 2015. godine je u skladu sa Pravilnikom o vrednovanju naučnoistraživačkog rada i postupku akreditacije instituta, integrisanih univerziteta, fakulteta i centara izuzetnih vrednosti („Sl. glasnik RS“, br. 69/2015) pokrenut postupak akreditacije i ispunjenost uslova za akreditaciju NIVS za obavljanje naučnoistraživačke delatnosti od opšteg interesa. Odbor za akreditaciju naučnoistraživačkih organizacija je 08.03.2016. godine doneo Odluku br. 660-01-00013/28 kojom je Institut reakreditovan kao istraživačko-razvojni institut – ustanova u oblasti biotehničkih nauka – veterinarstvo.
Za pitanja od značaja za naučnoistraživački rad u Institutu se obrazuje Naučno veće Instituta. Naučno veće je stručni organ Instituta koje sačinjavaju doktori nauka u naučnim ili nastavnim zvanjima koji su u radnom odnosu sa punim radnim vremenom u Institutu. Istraživači Instituta su kontinuirano od 1946. do danas rukovodili i učestvovali u međunarodnim projektima i u više od 60 projekata osnovnih, tehnoloških, razvojnih i nacionalnih istraživanja raspisanih od strane Ministarstva prosvete, nauke i tehnološkog razvoja Republike Srbije.
Kao rezultat navedenih projekata ostvaren je razvoj i uvođenje novih i modifikovanih metoda dijagnostike zaraznih i parazitskih bolesti, detekcija i primoizolacija infektivnih agenasa, izrada mera eradikacije, preventive i suzbijanja bolesti životinja, rasvetljavanje multikauzalnih neonatalnih oboljenja životinja u farmskom uzgoju, razvoj vakcina, izrada mera zdravstvene kontrole i dr. Kroz navedene projekte ostvareni su značajni rezultati koji su publikovani u preko 50 monografija i poglavlja u monografijama, 3 atlasa, 6 udžbenika, 32 priručnika i brošura, 14 agitki i više nastavnih filmova. U istom periodu je referisano više od 4000 radova na međunarodnim i nacionalnim savetovanjima i preko 500 radova je publikovano u međunarodnim i nacionalnim časopisima. U okviru ovih projekata je odbranjen veći broj doktorata, magisterijuma i specijalizacija.
Biblioteka Instituta je registrovana biblioteka u okviru bibliotečkog sistema Univerzitetske biblioteke “Svetozar Marković“ (br. 06-218/206 od 24.11.1997). Poseduje fond od više stotina knjiga i časopisa, kao i elektronske časopise sa EBSCO baze podataka. Obrade fonda biblioteke se vrši u programu BIBLIO Win ISIS koji u podržava ISO standarde propisane od IFLA.