Rukovodstvo Instituta usmerava rad i poslovanje Instituta, planira i obezbeđuje resurse za rad, vrši analizu i preispitivanje poslovanja i sistema upravljanja, obezbeđuje primenu standarda dobre laboratorijske prakse i standarda sistema upravljanja, utvrđuje potrebe i preduzima izmene i poboljšanja u sistemu upravljanja i poslovanju Instituta.
Uže rukovodstvo Instituta čine:
Direktor Instituta
Tehnički direktor
Rukovodilac upravljanja kvalitetom
Upravnik Zavoda za kontrolu hrane i lekova
Upravnik Zavoda za zdravstvenu zaštitu
Rukovodilac Službe opštih, računovodstvenih i pravnih poslova
Predsednik Naučnog veća
