Формиран је 11. фебруара 1926. године под именом Централни ветеринарски бактериолошки завод. Одлука о формирању Завода донета је на предлог Ветеринарског одељења Министарства за пољопривреду и воде а у споразуму са Министарством народног здравља које је прописало ПРАВИЛНИК за Централни ветеринарски бактериолошки завод (В.Т. бр. 1759). Правилником је прописан назив ове установе, да је то државна установа под непосредним наѕором Министарства пољопривреде и вода са седиштем у Београду. Према овом Правилнику Завод је имао задатак да врши испитивање ваљаности цепива(вакцина) и дијагнозу бактеријски, вирусних и паразитских болести животиња. Поред тога, стручњаци Завода су излазили на терен ради утврђивања и сузбијања сточних зараза. Осим своје редовне делатности, стручњаци Завода су се бавили и просвећивањем сточара и држали су редовно предавања о сточним заразама на Радио-станици Београд. Седиште Завода је било у згради Централног хигијенског института у Београду а по завршетку изградње сопствене зграде сели се у Земун где остаје до почетка ИИ светског рата 1941. године.
По завршетку априлског рата 1941. године Завод се пресељава у зграду бившег производног завода „Пастер“ на Бановом брду у Београду, где наставља са радом као Ветеринарски бактериолошки завод у Београду до 1945. када се од њега њега формира Ветеринарски бактериолошки завод Народне Републике Србије.
После завршетка Другог светског рата на иницијативу тадашњег Министарства пољопривреде НР Србије и в.д. начелника Ветенарске управе организован је Ветеринарски бактериолошки завод НР Србије. Године 1947. Завод се сели на Вождовац – улица Булевар војводе Степе бр. 295, где се налазио све до 1982. године. Од те године Институт се сели на две локације у Београду – у Војводе Тозе 14 и на Новом Београду локација у Аутопут 3. Уредбом Владе НР Србије бр.5 од 14.1.1950. године Завод је прерастао у Ветеринарски научноистраживачки и дијагностички институт НРС. Следеће, 1951. године, при Институту је формиран Центар за вештачко осемењавање, као прва установа те врсте у СР Србији и била је лоцирана на економији у Крњачи.
Године 1959. донета је Уредба о формирању Ветеринарског института у чији састав су поред постојећег Института у Београду ушли и Ветеринарси завод из Новог Сада и Ветеринарски завод из Приштине. Неуједначена развијеност појединих целина Института у погледу опремљености и структуре кадрова резултирало је његовом расформирању 1961.
Од београдског дела оснива се Завод за унапређење ветеринарства СР Србије. Предмет делатности Завода су била научна истраживања из области ветеринарства и примена резултата научноистраживачког рада у пракси ради заштите здравља стоке, унапређења сточарске производње и индиректног чувања здравља људи.
У циљу што ефикаснијег и стручнијег рада ветеринарских специјалистичких установа, у периоду 1970-71.долази до интеграције Завода и ветеринарско дијагностичких станица из Светозарева, Краљева, Пожаревца и Зајечара а 1985. године са ООУР-ом за физиологију и радиобиологију ИНЕП-а и Југословенским институтом за млекарство из Београда, чиме је формиран Институт и заводи за ветеринарство Србије.
Током 1988-89. долази до издвајања ових институтција и Институт добија назив Ветеринарски и млекарски институт Под овим именом Институт је радио до 1993. године, када прераста у Научни институт за ветеринарство Србије. Данас је Научни институт за ветеринарство Србије једна од водећих научно-стручних институција у области ветеринарске медицине. Сачињавају га Завод за здравствену заштиту смештен у Шумицама, у улици Војводе Тозе 14 и Завод за контролу хране и лекова, лоциран на Новом Београду (Ауто пут 3).
