Руководство Института усмерава рад и пословање Института, планира и обезбеђује ресурсе за рад, врши анализу и преиспитивање пословања и система управљања, обезбеђује примену стандарда добре лабораторијске праксе и стандарда система управљања, утврђује потребе и предузима измене и побољшања у систему управљања и пословању Института.
Уже руководство Института чине:
Директор Института
Технички директор
Руководилац управљања квалитетом
Управник Завода за контролу хране и лекова
Управник Завода за здравствену заштиту
Руководилац Службе општих, рачуноводствених и правних послова
Председник Научног већа
