Институт је овлашћен да обезбеди редовно вршење следећих активности:
• По унапред утврђеном плану или на захтев Министарства обилази епизоотиолошко подручје ради систематског праћења епизоотиолошке ситуације, утврђивања узрока угинућа животиња, транспорта патолошког материјала, вршења епизоотиолошког увиђаја, постављање сумње на појаву заразних болести код животиња и вођење евиденције о тим активностима.

• Непосредно учествује у откривању и праћењу заразних болести животиња, доприноси спречавању појављивања, откривању, спречавању ширења, сузбијању и искорењивању болести животиња у складу са важећим прописима и признатим стручним и научним сазнањима и међународним стандардима (ОИЕ).

• Обнавља лагер неопходних дијагностичких и имунопрофилактичких средстава, врши складиштење и дистрибуцију ветеринарских лекова, медицинских средстава за вршење вакцинације и дијагностичких испитивања по Програму мера и одржава лагер неопходних количина дијагностичких средстава и епизоотиолошке опреме неопходних за правовремено узорковање, дијагностику заразних болести и епизоотиолошких истраживања.

• Одржава спремност референтних и других лабораторија за послове предвиђене решењем о одржавању статуса акредитованих лабораторија и утврђеном обиму акредитације.

• Учествује у међулабораторијским упоредним тестирањима, набавља стандардне сојеве и референтне материјале на начин који утврђује национална референтна лабораторија за одређену болест, уз сагласност Министарства.

• Одржава висок ниво спремности епизоотиолошке службе у циљу искорењивања заразних болести.

• Обезбеђује стручну обуку за лица која раде у екипама за сузбијање болести, одржава опрему и средства потребна за сузбијање и искорењивање болести.

• У циљу одржавања спремности на појаву опасних заразних болести именује најмање два “епизоотиолошка  тима за сузбијање нарочито опасних заразних болести  животиња”, који ће бити задужени да на захтев Министарства хитно реагују у случају појаве нарочито опасних болести на територији  Републике Србије.

• Одржава на највишем нивоу  материјална средства, опрему и друге ресурсе достављене од стране Министарства и донатора (Европска Унија и др.).

• Пружа стручну и техничку помоћ припреми и реализацији планова управљања у кризним ситуацијама (кризни планови).

• Приликом обиласка епизоотиолошког подручја врши информисање и едукацију ветеринара и власника животиња у области здравствене заштите и добробити животиња и на захтев Министарства учествује у програмима обуке ветеринарских инспектора и ветеринара.

• Обезбеђује редовну техничку подршку, простор, потребну опрему, потрошни и штампани материјал за рад регионалног центра Града Београда, као и ангажовање два обучена оператера за рад регионалног центра Града Београда на пословима уноса и ажурирања података централне базе, одржавање неопходног нивоа комуникације и повезивања ветеринарске инспекције на регионалном и локалном нивоу са Управом за ветерину и надлежним институтом.